Sở dĩ người Tây Ban Nha chiếm lĩnh Đài Loan, ngoài nhân tố kinh tế và chính trị, còn xem xét đến vị trí thuận tiện của hòn đảo vì từ đây họ có thể dễ dàng đến Trung Quốc và Nhật Bản truyền giáo, và ban đầu họ đã cử 5 linh mục theo quân xuất chinh. Các giáo sĩ truyền giáo đa số đến từ Dòng Đa Minh, song cũng có sự tham gia của các giáo hội khác.

Ban đầu, chỉ có quân nhân là có thể tiến vào thôn xóm của thổ dân, không có các chức sắc tôn giáo hoạt động trong các thôn xóm này, đến khi linh mục Jacinto Esquivel đến Đài Loan, họ mới được phép vào thôn xóm truyền giáo. Để tiện cho việc truyền giáo, Jacinto Esquivel đã biên tập ra "Từ vựng tiếng Tamsui" (Vocabularino de la lengua de los Indios Tanchui en la Isla Hermosa) cùng "sách giáo lý tiếng Tamsui" (Doctrina cristiana en la lengua de los Indios Tanchui en la Isla Hermosa), song hai cuốn sách đến nay vẫn thất lạc.[23] Để bồi dưỡng và nuôi các giáo sĩ truyền giáo, với sự hỗ trợ của Juan de Alcarazo, Jacinto Esquivel đã thành lập Thánh Từ bi Huynh đệ hội (Hermandad de la Misericordia), chức hội trưởng đều do trưởng quan đảm nhiệm;[24] Ông cũng dự tính thành lập chủng viện, song cuối cùng đã không thực hiện được.

Ban đầu, phạm vi truyền giáo của người Tây Ban Nha chỉ giới hạn ở các bộ lạc phụ cận các pháo đài Tamsui và Kelung, sau khi người Tây Ban Nha khuếch trương thế lực, các giáo sĩ truyền giáo bắt đầu di chuyển đến trung du và thượng du sông Tamsui và Nghi Lan ngày nay, thậm chí còn không dùng binh sĩ đi cùng, có thể an toàn làm lễ Thanh Tẩy ở vùng đất của các bộ lạc thổ dân.[25] Song tình cảnh thuận lợi này đã không thể kéo dài, theo sau việc quân Tây Ban Nha triệt thoái đáng kể khỏi Bắc Đài Loan, các giáo sĩ truyền giáo không còn có khả năng đi xa khỏi pháo đài để phục vụ cho việc truyền giáo.

Về cơ bản, trên cơ sở cân nhắc an toàn của bộ lạc, thổ dân sẵn sàng tiếp nhận Công giáo. Nếu có giáo sĩ truyền giáo trong thôn xóm thì các binh sĩ Tây Ban Nha rõ ràng sẽ không đến quấy nhiễu họ, họ cũng có thể hợp lực với người Tây Ban Nha đối kháng với bộ lạc đối địch.[26] Tuy nhiên, do tư tưởng thù nghịch giữa các bộ lạc có bất đồng, đã gây cản trở cho việc truyền giáo tiến triển. Chỉ cần giáo sĩ truyền giáo đến chỗ bộ lạc đối địch, họ sẽ tạo ra sự thù địch, thành quả lập tức biến mất, thậm chí có giáo sĩ truyền giáo còn bị sát hại.[27] Mặc dù có không ít giáo sĩ truyền giáo đến Đài Loan, song họ nhận định rằng nhiệm vụ chính là đến Trung Quốc và Nhật Bản truyền giáo, còn Đài Loan chỉ như một bàn đạp để đi vào hai nơi này.[28] Vì vậy, thời gian lưu lại trên đảo của các giáo sĩ không dài, khó mà đạt được thành quả đáng kể.